满铁南京特务班第一份报告书写于1938年1月21日，报告首先介绍了日军占领南京前后的自然状况和人口对比。南京“截止到这次事变前，约有人口106万”。“最初，总数达20万的难民，被以德国人拉贝为会长的国际委员会收容，市中央西部地区(拥有很多外国人建筑的地点)被划定为难民区，粮食及其他生活品均由国际委员会配给。而皇军入城后，市内治安已明显恢复，安抚工作也已见进展。一月元旦成立了以陶锡三为委员长的南京自治委员会，该会于1月5日从国际委员会手中接收了20万难民。”这就是说，这20万人仅仅是国际委员会收容的那一部分，偌大的南京市，除了躲在难民区里的20万人以外，其他地方的全部逃难了吗？特务班报告也说：“南京整个被皇军包围，完全没有逃跑余地。”那么，人都哪里去了呢?其实，远东国际军事法庭对此早已作出结论：“1937年12月13日晨，当日军进入该城时，所有抵抗已经停止。日军士兵成群结队地沿街游荡，犯下了种种罪行。……不分青红皂白地沿街杀戮中国男女老幼，顷刻之间，广场、街道和胡同里到处尸横遍野，连幼女老妇也遭奸污，很多妇女遭到强奸后被杀死，而她们的肉体被肢解。日军士兵对商店和仓库抢劫后往往纵火焚烧，主要的商业街太平路以及该城的其他商店区均被大火烧光。……经过若干时日之后才清楚，这种烧杀是有计划进行的。”远东国际军事法庭判决书是根据大量的事实和证词作出的。这就是说，难民区以外的人，起码有相当一部分被日军屠杀了。这样的结论接近南京特务班的报告，也与远东国际军事法庭审理此案时提出的战犯罪证，及以后陆续发现的南京惨案的目击者、亲历者所写的记实、日记基本一致。
日本满铁南京特务班第二份报告书写于1938年2月底，记述了伪南京市自治会活动、遣散难民、对抗日人员镇压、街市清扫管理、尸体埋藏以及物质供应等情况。日军在南京惨无人道地实施大屠杀，尽管南京特务班报告没有直接述及，但还是留下了证据。这一点，从日军组织的收尸队伍的规模和工作时间就可以推断。报告中说：“红卍字会的尸体埋葬队(队员约600名)， 1月上旬以来，在特务机关指挥下连日涉足城内外掩埋死尸，截止二月末已埋葬的尸体约5000具，成绩昭著。”而这只是红卍会尸体埋葬队的工作情况。日军为大屠杀找的一个借口，就是清除残败兵及抗日分子。报告中说：“确立治安的先决条件是搜查清除城内外的残败兵及抗日分子。因此，去年12月22日至本年1月5日间，协助中岛兵团进行盘查活动，清除了大约为4000名的残败兵和抗日分子。1月6日至2月25日间，特务机关得到天谷警备队的协助，又在城内外继续进行盘查，清出约500名。”南京大屠杀主要发生在日军进城的最初6周，这期间有多少“残败兵及抗日分子”被清除？只有侵略者最清楚。而实际上，被清除屠杀的都是手无寸铁的平民成百姓！这就是日军侵占南京后难民区以外平民百姓的去向。报告书中提到的数字，只不过是日军在三个月大屠杀中象征性的统计，侵略者也不可能将自己的全部兽行写在纸上，留下罪证，但仅仅这些，就足以证明侵略者在南京的滔天罪行。
日本满铁南京特务班的第三份报告写于1938年3月底，报告了此前伪市自治委员会活动、解散难民区、镇压抗日人员、发放“良民证”以及清除尸体等情况。显然这些工作报告主要是为了表现日军和特务班的“工作成绩”，不可能提及日军占领南京后的兽行，更不可能直接记述大屠杀的场面，但我们仍可从中窥见南京大屠杀的概貌。报告中说：“红卍字会自进行尸体收容工作以来，已默默工作了三个月，其工作成果值得称赞。目前已用完全部资金，工作开始陷入困境。在城外各地还散搁着一些尸体，经过积极工作，取得显著成果。至3月15日止，已把城内1793具、城外29998具，共计31791具尸体收容在城外下关地区和上新河地区的指定地点”。红卍字会尸体埋葬队仅是众多收尸组织中的一个，其他如国际红十字会、民间慈善救济团体崇善堂、同善堂等亦参加了尸体掩埋工作，而单是经红卍字会掩埋的尸体已逾3万余具，报告书中还称到3月份收尸队“每天需要卡车5—6辆，民工200—300名”，尸体仍在收集中。从这些点滴记载中，人们可以想见在南京大屠杀中被杀戮的无辜平民数目之大。
日军华中派遣宪兵队《关于南京宪兵队辖区治安恢复状况的调查报告(通牒)》
吉林省档案馆现藏的日本昭和13年（1938年）2月19日侵华日军华中派遣宪兵队司令官大木繁《关于南京宪兵队辖区治安恢复状况的调查报告（通牒）》。记载了1938年2月1日至10日南京及周边地区的“治安恢复”情况。报告分为一般概况、难民返回情况、军队“慰安设施”情况等12个方面。其中难民返回情况一项中记载了日军攻占南京前后，南京、下关人口变化情况。
“难民返还状况”显示，南京“事变前的人口数”为1百万，“返还人口”为30万。也就是说，经过南京大屠杀，南京人口锐减了70万人。
报告反映，“驻屯各地的皇军官兵们仍沉浸在打胜仗的势头中，以致军纪风纪涣散，进行各种犯罪活动”。
“各地慰安设施情况”显示，在南京“驻屯兵员概数”为25000人，“慰安妇数”为141人，“慰安妇一人应对的士兵数”为178人。
日本军人拍摄的暴行照片
侵华日军南京大屠杀自拍照片集封面
被日军屠杀的中国人横尸街头
日本宪兵队《邮政检阅周报》(二件)
南京大屠杀期间，日军拍摄了不少炫耀其战争淫威的照片。1938年1月，一个日军少尉军官拿着两卷120“樱花”胶卷到南京“华东照相馆”冲洗，该照相馆学徒罗瑾冲洗时，赫然发现多张日军砍杀中国军民和侮辱中国妇女的照片，深感悲愤，于是偷偷加印，并选择了其中16张装订成册，秘藏在寺庙内，后转由其同学吴旋保管。日本投降后，南京国民政府为对侵华日军战犯进行审判，向社会收集日军暴行证据。这本相册被吴旋送至南京市临时参议会。由于该相册中的照片“确系日寇施行暴行所自摄，而足以证实战犯罪行之铁证用”，成为南京审判战犯军事法庭大屠杀案的系列证据第一号。这本相册现藏于中国第二历史档案馆。
日本侵华期间，日军每到一处，烧杀淫掠，犯下累累罪行。日军为防止暴行事实扩散，对这些惨无人道、惨绝人寰的罪行刻意掩盖。无论报刊、信件、出版物，凡此类内容，均在以日本宪兵队为主导的邮政检查中，被删除、扣押或没收处理。现吉林省档案馆收藏的日本侵华时期的邮政检阅档案，就是日本侵华时期各地宪兵队自身形成的，主要是对日本军人、军队服务人员，日本移民、侨民等日本民众，日本殖民地、占领区的军政要人及普通民众，外籍人士特别是传教士、公使馆、领事馆员的往来信件、电报、电话、出版物进行秘密检查，对其中反映日军暴行、战争实态、危害日军统治或可资日军利用等内容做出削除、扣押、烧毁、部分涂抹、原样发送等处理，并由各地宪兵队对认为有问题的进行摘抄整理，形成摘要辑录的月报或周报。其所摘录信件的内容完全出自日本侵华的亲历者或见证者之手，具有无法抵赖的原始性和不容质疑的真实性，是日本帝国主义侵略罪行的如山铁证。
据日本宪兵队《邮政检阅周报》，日本昭和13年（1938年）1月1日德国劳特尔斯泰因（地名音译，现德国八符州）署名为智的人写给天津英租界牛津大道27号袁某的信件摘抄。信件提到日军在南京的禽兽行为令人发指，连尼姑在内，年满14岁的女子全部被他们的兽欲所害。档案注明这些信息是根据英国牧师从南京发出的信件刊登在英国报纸上的，“牧师多次劝告日军司令官都无济于事，而这种劝告完全是出于人道考虑。”此件揭露了侵华日军在南京犯下的反人类罪行。
日本昭和13年（1938年）1月29日，赖某（收信人的兄长）从英国伦敦写给湖南省宁乡县城边石桥赖文麟的信件。其中第七项内容写到：“据昨日报载，日本兵在南京强奸妇女数万人，甚至连十二岁的少女也被强奸，强奸后被惨杀者不可计数，实在是惨无人道。”从档案可得知，信件中有关南京大屠杀的内容摘自英国的一份报纸。
