当天10时15分许，一艘有15名船员的中国拖网渔船在钓鱼岛附近海域进行捕捞作业时，日本海上保安厅一艘巡逻船赶到现场，并冲撞渔船。随后，日方又派出两艘巡逻船跟踪渔船。13时左右，日本巡逻船上的22名海上保安官登上航行中的中国渔船，命令渔船停止航行，并宣称违反日本"渔业法"对渔船进行检查。

    据海上保安厅透露，海上保安厅接报后派出了另两艘巡逻船“水城”和“波照间”。他们在现场反复发出停船命令并进行追踪，但中国渔船没有听从。10点55分左右渔船和“水城”的右舷发生碰撞。据悉没有人员受伤的消息，也没有燃料泄漏。

    下午1点前，6名巡逻船上的海上保安官以涉嫌违反《渔业法》为由进入了渔船进行检查。

    “与那国”号是在警告中国渔船退出日本领海后与其发生碰撞的。“水城”号右舷损伤范围宽3米，高1米。

    日本第11管区海上保安总部（那霸）上午10点半左右接到巡逻船的联系后，随即成立了对策室，并于11点左右成立对策总部。

    2008年6月，钓鱼岛近海也曾发生过日本海保巡逻船和台湾游渔船碰撞导致游渔船沉没的事故。

    “与那国”号属于日本11管区总部石垣海上保安部，去年2月为加强钓鱼岛周边领海警备而投入使用。总吨位为1349吨，全长89米。甲板可起降直升机。

    日本国土交通相前原诚司7日在记者会上就日本海上保安厅巡逻船与中国渔船发生碰撞一事表示，“我们必须切实弄清楚对方渔船的情况”，表示日方将就真相进行确认。前原解释称，“没有接到报告说进行了警告开枪，也没有听说中方以某种形式发表声明。”他表示，“若是无害通航，任何国家的船只都可以通过，但不能进行捕鱼作业。”